Gebiedsbescherming, soortenbescherming
De Habitatrichtlijn omvat twee te onderscheiden beschermregelingen: gebiedsbescherming en soortenbescherming.
Gebiedsbescherming richt zich op de Natura2000-gebieden. Voor vergunningplichtige activiteiten binnen N2000-gebieden is een zogeheten vergunning gebiedsbescherming vereist krachtens artikel 6 Habitatrichtlijn, wat in de Nederlandse wet is geregeld in artikel 5.1, lid 1, onder e van de Omgevingswet.
Voor de complete lijst van Nederlandse Natura2000-gebieden zie:
Soortenbescherming richt zich op dieren- en plantensoorten genoemd in de bijlage van de Habitatrichtlijn binnen én buiten N2000-gebieden. Veel dieren zijn trekdieren, zoals vogels, en die zijn niet vogelvrij zodra ze zich buiten het Natura 2000-reservaat vertonen. Het betreft deels soorten die ook onder de gebiedsbescherming vallen en deels soorten die daar niet onder vallen.
Voor de complete lijst voor alle Europese soorten, zie bijlage IV van de Habitatrichtlijn en bijlage 1 van de Vogelrichtlijn.
Voor de Nederlandse uitwerking, zie:
Voor het verstoren van soorten is een toestemming vereist krachtens artikel 12 Habitatrichtlijn, wat in de Nederlandse wet is geregeld vanaf artikel 8.74-i. van het Besluit kwaliteit leefomgeving.
Tot nu toe speelt stikstof juridisch niet of nauwelijks een rol bij soortenbescherming buiten N2000-gebieden en blijft daarom hier verder onbesproken.