Verzoek intrekken of wijzigen natuurvergunning
Verleende vergunningen kunnen onder bepaalde omstandigheden weer worden ingetrokken of gewijzigd, ook al betekent dit een inbreuk op de rechtszekerheid van de vergunninghouder. In sommige gevallen geldt zelfs een plicht om een de vergunning in te trekken. Dit zijn wettelijk geregelde bevoegdheden.
Een natuurvergunning kan bijvoorbeeld worden ingetrokken wanneer die gedurende meer dan een jaar onbenut is gebleven. Is het intrekken van een vergunning nodig om verslechtering van de wettelijk beschermde natuurwaarden te voorkomen (als passende maatregel), dan is de intrekking zelfs verplicht. Dit kan bijvoorbeeld het geval zijn bij zogeheten piekbelasters, zoals Tata Steel in IJmuiden of een veestal direct naast sterk stikstofoverbelast N2000-gebied.
Een intrekkingsbesluit betekent een afweging maken tussen het belang van rechtszekerheid van de vergunninghouder en het publieke belang van een gezonde leefomgeving. Het intrekken van een vergunning van een gestaakt bedrijf zal eenvoudiger zijn te motiveren dan bij een actief bedrijf. Indien een vergunning van een actief bedrijf deels of geheel wordt ingetrokken, dan dient een redelijke termijn te worden geboden voor het afbouwen van de bedrijfsactiviteiten.
Bij het bevoegd gezag kan een vergunninghouder of een belanghebbende, bijvoorbeeld een natuurorganisatie, een verzoek om intrekken of wijzigen van de vergunning indienen. Op een dergelijk verzoek zal het bevoegd gezag dan een besluit moeten nemen. Dat kan een toewijzing maar ook een afwijzing zijn. Een vergunning kan ook ambtshalve (op initiatief van het bevoegd gezag) worden ingetrokken. In geval van natuur is het bevoegd gezag meestal een provinciebestuur. Uitzonderingen hierop zijn vergunningen voor onder meer vliegvelden en snelwegen (tracébesluiten), waarvoor een minister bevoegd is.
De Hoge Raad heeft in 2001 uitgesproken dat op een vergunning geen eigendomsrecht rust. In die uitspraak is ook genoemd dat onder bepaalde omstandigheden het bevoegd gezag zelfs verplicht is om inbreuk te maken op verleende vergunningen. Zie ECLI:NL:HR:2001:AD5493.